発酵食品とは何でしょうか？
発酵とは微生物がいろんなものの中で生きていて、何かを生み出すなどの活動していることです。（もっと科学的な言い回しをお望みの方は、辞書をひかれるか専門書をお読みください）
ですから、発酵食品とは微生物が食べ物の中で生き、活動することでおいしくなったり何かからだに良さそうなものに変化したものと言えます。
発酵に関わる微生物には、カビ、酵母、細菌の三種類がいます。
カビはチーズ、酵母はパン、細菌はヨーグルト（乳酸菌）など３種とも普段目にする食品にそれぞれ使われています。
微生物には病原菌も含まれますので、そういう悪い菌ではなく良い菌が発酵食品にかかわるとお考えください。